Возникло в последней трети 19 века на острове Менц-Сари. Остров переименован в 50-е годы ХХ века в о-в Новик в честь прославленных кораблей российского флота. Существование морского некрополя связано с пребыванием в Транзунде Практической эскадры Балтийского моря, специально организуемой с 1858 г. для практических плаваний судов Балтийского флота во внутренних водах.
Начало кладбищу было положено в 1862 году, погребением на острове кадета Морского корпуса В.А.Развозова.
Данных о том, как первоначально было устроено кладбище, не сохранилось.го устроением занялись в 1888 г по поручению вице-адмирала Николая Матвеевича Чихачёва – обнесли а решетчатой железной оградой и построили деревянную часовню. Строителем часовни стал выборгский купец Андрей Виклунд, ограду изготовил выборгский фабрикант Эрнест Галлен.
Часовню с образом Святого Николая Чудотворца освятили в 1891 году. Она была восстановлена в 2002 году.
У границы Морского некрополя установлен деревянный крест и памятная доска с надписью: "Здесь на острове Новик (Менц-Сари) похоронены моряки Российского флота. Упокой, Господи, души усопших рабов твоих."